Contamination périnéale importante et continue (mauvaise hygiène)
Anomalie organique ou fonctionnelle de l'appareil urinaire :
lithiases dans les voies urinaires
sténoses urétérales ou urétrales
uropathies malformatives (souvent décelées chez l'enfant)
gêne à l'écoulement de l'urine (hypertrophie prostatique, tumeurs, lithiase ...)
reflux vésico-urétéral
vidange incomplète de la vessie -résidu (anomalies de la vessie, mauvais positionnement de l'urètre)
troubles du comportement mictionnel : mictions rares, retenues, incomplètes)
Grossesse : compression des voies excrétrices due au développement de l'unité foeto-placentaire (reflux vésico-urétéral favorisé) et influence de facteurs hormonaux (pouvant entraîner l'hypotonie des voies excrétrices et la stase urinaire).
Affections sous-jacentes : diabète, immunodéficience, ...
Manœuvres iatrogènes : endoscopie, pose d'une sonde urétro-vésicale. La présence d'une sonde peut conduire à une infection par entrée des bactéries lors de la pose, par contamination bactérienne par voie endoluminale (rare maintenant avec les systèmes clos), par migration des bactéries par voie extraluminale surtout. Les infections sont favorisées par l'action mécanique de la sonde sur l'urothélium, les perturbations du transit urinaire (vidange vésicale incomplète), et par la création d'un biofilm sur la sonde dans lequel les bactéries sont soustraites aux défenses immunitaires et aux antibiotiques.
Autres : rapports sexuels, vêtements moulants, constipation, diarrhée, infection vaginale.