La symptomatologie du choc septique est peu spécifique.

Tout nouveau-né qui va mal, sans raison apparente, est a priori suspect d'infection. L'hyper ou l'hypothermie traduit une réponse inflammatoire systémique et n'est pas spécifique d'une infection.

Il s'agit donc d'éliminer une étiologie non infectieuse avec des examens complémentaires.