Il n'est pas justifié de proposer systématiquement l'interruption de la grossesse à une femme enceinte faisant une séroconversion toxoplasmique car la majorité des enfants issus de ces grossesses seront indemnes.

Le diagnostic anténatal repose sur la surveillance échographique et l'amniocentèse. C'est l'amniocentèse avec inoculation du liquide amniotique à la souris et PCR qui permet de confirmer l'atteinte fœtale. On recommande un délai d'un mois entre la contamination maternelle et la date de la ponction de liquide amniotique (à partir de la 18e semaine de grossesse). La positivité de l'une de ces deux méthodes permet d'affirmer le diagnostic de toxoplasmose congénitale. Par contre un résultat négatif n'exclut pas l'atteinte fœtale, car ces tests ont une valeur prédictive négative faible avec environ 30% de faux négatifs.