Le diagnostic néo-natal est mis en route pour tous les nouveaux-nés dont les mères ont eu une sérologie suspecte en cours de grossesse, avec un diagnostic anténatal négatif ou non pratiqué. Ces moyens associent la recherche du parasite et la sérologie, chez la mère et chez le nouveau-né.

La recherche du parasite est réalisée par inoculation à la souris ou PCR. Les produits biologiques étudiés sont le placenta, le sang de cordon et parfois le LCR (si la clinique le justifie). La détection du parasite dans un de ces prélèvements signe la toxoplasmose congénitale.

La présence d'IgM ou d'IgA sur sang du cordon ne signe pas la toxoplasmose congénitale car la détection peut être due à une effraction de sang maternel vers l'enfant lors de l'accouchement. C'est le profil immunologique comparé mère/enfant par western-blot qui permettra d'évoquer le diagnostic par la présence de fractions anticorps propres à l'enfant .

Après quelques jours de vie, la présence d'IgM ou d'IgA spécifiques permettra d'affirmer la toxoplasmose congénitale. Il en est de même pour la persistance des IgG après un an de vie.