La notion importante du champ de force
L'énergie potentielle totale prend alors la forme suivante :
Exemple de champ de force :
L'ensemble des fonctions et des constantes définissant les potentiels qui décrivent les interactions entre les noyaux (interactions de type ressort) constitue le champ de force.
Selon les constantes que l'on choisit on pourra décrire plus ou moins bien une interaction.
On pourra, par exemple, choisir de négliger certains types d'interaction ce qui allégera et diminuera le temps des calculs.
Les paramètres des champs de forces sont stockées dans des tables au sein des programmes de calcul.
(Chaque type d'atome possède une description particulière).
Certains champs de force sont ainsi mieux adaptés à l'étude
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des polymères,
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des petites molécules (MM+, MM2, MM3, esff),
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des protéines (AMBER ((Assisted Model Building and Energy Refinement) - widely used for proteins and DNA ), CHARMM, ...),
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il existe également des champs de force dits universels qui sont sensés représenter tous les types de système (UFF, Dreiding).
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On peut également redéfinir certains paramètres adaptés à une étude particulière
Le choix du champ de force est primordial pour obtenir des résultats cohérents (c'est-à-dire en accord avec les résultats expérimentaux).
Dans tous les cas les énergies calculées en mécanique moléculaire n'ont aucune signification en valeur absolue.
Elles peuvent cependant être utilisées pour comparer plusieurs molécules entre elles.
