La dynamique moléculaire
Le but de la dynamique moléculaire est de regarder comment se comporte la molécule pour une température donnée (différente de 0 K, par exemple à 310 K).
En pratique on part d'une conformation calculée en mécanique moléculaire et on augmente la température (ou agitation thermique) du système, c'est à dire que l'on augmente l'énergie cinétique.
Le principe de la méthode est basé sur la résolution de l'équation classique du mouvement :
où
est calculée avec le champ de force
On peut utiliser la dynamique moléculaire
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pour étudier le comportement dynamique d'une molécule (exemple diffusion d'une molécule de dioxygène dans un canal spécifique d'une protéine)
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faire de la recherche conformationnelle.
En effet, augmenter la température force la molécule à « sauter » par-dessus les barrières de potentiel (pour « explorer » l'ensemble de la surface de potentiel).
Algorithme basé sur le processus physique de refroidissement d'un liquide ou de cristallisation d'un métal (trempe d'un métal).
Méthode basée sur un déplacement aléatoire des atomes (méthode Monte-Carlo).
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On place la molécule à une température élevée (800K) pendant quelques ns (~50ns)
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On diminue la température par pas de 50K
