Les pili sont des appendices protéiques impliqués dans l'adhérence aux muqueuses, principalement chez les bactéries à Gram négatif ; le terme "Pap" fait spécifiquement référence aux Pili associés aux pyélonéphrites. Ils n'ont donc pas d'implication dans les infections à pneumocoque.

Les acides teichoïques des bactéries à Gram positif sont des facteurs de virulence impliqués dans leur adhérence aux cellules épithéliales de l'hôte.

La coagulase est une enzyme produite principalement par Staphylococcus aureus et non par S. pneumoniae. Elle permet au staphylocoque doré de s'entourer de fibrine, pour échapper aux mécanismes de défense de l'hôte (absence de reconnaissance comme élément étranger).

Le lipopolysaccharide (LPS) est un constituant de la membrane externe, spécifique des bactéries à Gram négatif, impliqué dans des phénomènes d'adhérence et d'échappement aux mécanismes de défense de l'hôte. Il n'est pas présent chez les bactéries à Gram positif telles que le pneumocoque.

S. pneumoniae produit une hémolysine (la pneumolysine), capable de former des pores dans les cellules de l'hôte, pour favoriser leur destruction (envahissement) ; avec la capsule, c'est un facteur de virulence majeur de la bactérie.

Les spores bactériennes, formes de dissémination par leur résistance dans l'environnement et aux agents anti-microbiens, sont des facteurs de virulence de certaines bactéries mais S. pneumoniae ne sporule pas.