Comme toute pénicilline, l'amoxicilline expose à un risque d'allergie.

L'association amoxicilline - acide clavulanique existe à la fois sous formes orale et parentérale (les formes parentérales sont a priori utilisées en cas d'infection sévère, chez des patients dont le pronostic vital peut être rapidement engagé).

L'acide clavulanique (inhibiteur de bêta-lactamases) restaure l'efficacité de l'amoxicilline vis-à-vis des bactéries productrices de pénicillinases (Haemophilus influenzae).

La durée du traitement des pneumopathies aiguës communautaires est habituellement de 7 à 14 jours (cf. XVe Conférence de consensus en thérapeutique anti-infectieuse, 2006).

Comme les autres bêta-lactamines, l'amoxicilline agit par inhibition de la synthèse du peptidoglycane, par interaction avec les enzymes impliquées (transpeptidases, transglycosylases, carboxypeptidases) qui constituent les cibles des bêta-lactamines, dénommées PLP (protéines liant les pénicillines) ou PFP (protéines fixant les pénicillines) ou PBP (penicillin binding proteins).