La bactérie peut être mise en évidence dans les crachats. Cependant le recueil de l'expectoration doit limiter la contamination par la flore commensale de la cavité buccale (rinçage de la cavité buccale à l'eau physiologique stérile et kinésithérapie préalables) ; on peut évaluer la qualité du prélèvement par dénombrement des cellules épithéliales buccales et des polynucléaires (<10 et >25 / champ microscopique au grossissement x 100, respectivement, pour un prélèvement de bonne qualité) ; la bactérie doit être présente en culture pure ou prédominante et en quantité (> UFC / mL) (cf. Rémic, 4ème éd., Société Française de Microbiologie Ed., 2010).

L'hémoculture peut permettre l'isolement de la bactérie, dans la mesure où il y a une bactériémie associée (ce qui est relativement fréquent).

Un liquide de lavage broncho-alvéolaire peut aussi être prélevé. Le dénombrement bactérien doit alors être supérieur à UFC/mL pour être significatif.

L'examen cytobactériologique du LCR n'est envisageable qu'en cas de complication méningée (rare).

Les urines ne peuvent être utilisées que pour la recherche d'antigènes solubles bactériens éliminés au cours de l'infection, mais pas pour l'isolement de la bactérie.

Il n'y a pas d'élimination spécifique dans les selles qui renferment, par ailleurs, une abondante flore commensale.