Le pneumocoque est une bactérie commensale de la flore naso-pharyngée. Le portage est beaucoup plus fréquent chez les enfants (40 à 50% et plus chez les petits qui vivent en collectivité) que chez les adultes (environ 5 à 10%). Toutes les infections à pneumocoque débutent par une étape de colonisation du naso-pharynx par la souche, qui va disséminer par la suite dans l'organisme, soit par voie hématogène, soit par extension.

A partir de l'étape de portage, plusieurs facteurs de risque ont été décrits pour expliquer la survenue des infections invasives (pneumonies bactériémiques, méningites, pleuropathies,...). Certains sont liés à la souche (certains sérotypes sont plus virulents que d'autres), d'autres sont liés à l'hôte (âges extrêmes de la vie, immunodépression, drépanocytose homozygote, splénectomie, ...), d'autres enfin sont conjoncturels (infections virales en particulier la grippe).

Streptococcus pneumoniae est une bactérie commensale du naso-pharynx, mais cette colonisation peut être aussi le point de départ d'infections non invasives (OMA, pneumonies non bactériémiques) ou invasives (bactériémies, méningites,...). C'est un des agents étiologiques majeurs des infections communautaires. Il existe une prophylaxie vaccinale des méningites à pneumocoque, qui protège incomplètement à l'heure actuelle en raison du remplacement progressif des sérotypes vaccinaux.