Les premiers signes et l'examen
La RCH est caractérisée par des douleurs abdominales et des diarrhées muco-sanglantes, de la fièvre, une perte de poids, de l'anorexie, de la fatigue, des sudations nocturnes, un retard de croissance et/ou encore une aménorrhée primaire.
Le tabagisme semble diminuer le risque et la sévérité de la RCH, et le stress l'augmenter. Il ne semble pas y avoir non plus de prédisposition génétiques (arguments épidémiologiques).
Au niveau du système immunitaire, il a été montré que la RCH est caractérisée par une inflammation des muqueuses, avec sécrétion de cytokines (molécules pro-inflammatoires) telles que le TNFα, l'IL-2 ...

D'un point de vue macroscopique, les lésions de la RCH sont homogènes et ne présentent aucun intervalle de muqueuse saine. Ces inflammations touchent le rectum ainsi que le colon.
Au niveau microscopique, on peut observer des abcès, un aspect « villeux » de la muqueuse, et une mucosécrétion due à la présences des molécules inflammatoires. Cependant, il est difficile de différencier une RCH d'une MC.
Des examens biologiques, radiologiques et endoscopiques sont prescrits pour diagnostiquer l'existence ou non d'une RCH. Il s'agira alors de coproculture et d'examens des selles, de prises de sang pour mesurer le taux de la protéine C-réactive, d'une radiographie de l'abdomen, éventuellement d'une IRM du colon, et principalement une coloscopie afin d'effectuer des biopsies.