Les modes de représentation
De nombreux modes de représentation des molécules existent, particulièrement pour représenter les protéines. Ce sont de très grosses structures moléculaires et donc les modes de représentations classiques ne sont pas toujours adaptés. Pour les protéines on a besoin de visualiser les structures secondaires, le site actif...
CPK (Corey, Pauling, Koltun) = sphères autour de chaque atome avec le rayon égal au rayon de Van der Waals
Le volume de Van der Waals est construit par l'union de sphères centrées sur les différents atomes.
Il définit, en quelque sorte, l'encombrement stérique de la molécule.
La description des surfaces de molécules a notamment été développée pour les protéines.
Dans ce cas on essaye de connaître la surface dite accessible de la molécule.
Accessible signifie ici essentiellement l'accessibilité par les molécules de solvant.
De nombreuses méthodes ont été développées.
Beaucoup sont basées sur le déplacement de sondes (i.e., molécules ou formes de la taille d'une molécule d'eau ~1.4 angströms) à la surface de la protéine.
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L'une des méthodes consiste à déplacer le centre dune sphère sonde à la surface de la protéine (i.e., sur la surface de Van der Waals). On définit alors la Surface Accessible par le Solvant (ou SAS).
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Une deuxième méthode consiste à faire rouler une sphère sonde sur la surface de Van der Waals.
La surface de contact représente la partie de la surface de Van der Waals qui peut être touchée par la sonde de la taille d'une molécule d'eau.
On parle de surface Solvent-Excluded Surface (SES), ou Surface de Conolly ou surface moléculaire.
Ainsi calculées par des algorithmes mathématiques, les surfaces moléculaires (Surfaces de Connolly) vont définir les cavités et les « tunnels » accessibles ou non par les molécules d'eau. Elles seront également en partie reliées à l'hydrophobicité.
