De nombreuses bactéries peuvent être agents de bactériémies, parmi lesquelles des bactéries exigeantes pour leur croissance. Cela impose donc a priori l'utilisation d'une gélose enrichie, telle que la gélose au sang, pour leur isolement. Lorsqu'on observe des bacilles à Gram négatif à l'examen direct d'une hémoculture, il s'agit le plus souvent d'entérobactéries (bactériémie à point de départ digestif ou urinaire, le plus fréquemment), ce qui peut conduire à utiliser parallèlement une gélose lactosée avec indicateur coloré de pH ou une gélose chromogénique, en vue d'une orientation diagnostique sur l'aspect des colonies obtenues.

La ceftriaxone, céphalosporine de 3ème génération (C3G), possède la particularité d'avoir une ½-vie prolongée qui permet une seule administration quotidienne. Elle est ainsi très souvent privilégiée, par rapport aux autres C3G parentérales qui en nécessitent 2 ou 3. La durée du traitement antibiotique d'une bactériémie à entérobactérie, chez un sujet sans facteur de risque particulier est habituellement de 15 j.

Certaines β-lactamases produites par les entérobactéries sont capables d'inactiver les C3G. C'est le cas des β-lactamases à spectre étendu (BLSE), codées par des gènes portés par des plasmides ou des transposons et donc largement répandues, y compris chez des souches d'origine communautaire telles que Salmonella. C'est aussi le cas des céphalosporinases chromosomiques hyperproduites, de type AmpC, plutôt rencontrées chez les entérobactéries du groupe 3 (Enterobacter, Serratia, Providencia, Morganella...), voire chez Escherichia coli, ou encore des céphalosporinases codées par des gènes plasmidiques, dont la fréquence d'isolement est en augmentation, y compris chez Salmonella ("β-lactamines et entérobactéries", R. BONNET, In : Antibiogramme, 2ème éd., P. COURVALIN, R . LECLERC, E. BINGEN, Ed. ESKA, Paris, 2006).

L'ofloxacine, comme la ciprofloxacine et la norfloxacine, fait partie des fluoroquinolones naturellement actives à l'égard des entérobactéries. Comme la ciprofloxacine, c'est une quinolone à diffusion systémique, contrairement à la norfloxacine qui est rapidement éliminée par voie urinaire et doit, de ce fait, être réservée au traitement des infections urinaires basses. Les fluoroquinolones systémiques constituent une alternative courante aux C3G, pour le traitement des bactériémies dues aux entérobactéries.

La CRP (protéine C-réactive) est une protéine sanguine dont le taux s'accroît en cas de réaction inflammatoire telle qu'on en observe dans les infections bactériennes systémiques, contrairement aux infections virales. C'est donc un marqueur intéressant pour le diagnostic de ce type d'infections.