• L'examen direct après coloration de Gram réalisée sur le frottis doit être réalisé en urgence. La sensibilité de cet examen est faible, car l'échantillon est souvent pauci-microbien et cet examen permet de détecter des bactéries présentes en quantité supérieure à /ml. En revanche, sa spécificité est excellente et un examen direct positif donne des indications précieuses sur l'étiologie et le traitement à mettre en œuvre : orientation vers un méningocoque en cas de cocci à Gram négatif, pneumocoque ou streptocoque B si cocci à Gram positif, Haemophilus ou E. coli (chez un enfant de moins de 3 mois) en cas de bacilles à Gram négatif, Listeria si bacilles à Gram positif.

La mise en culture est systématique, dès l'arrivée du prélèvement au laboratoire ; elle permet l'isolement de la bactérie et l'analyse de sa sensibilité aux antibiotiques.

• détection des antigènes solubles du pneumocoque dans le LCR par le test immunochromatographique (BinaxNOW Streptococcus pneumoniae) ;

• la détection de l'ADN bactérien par PCR spécifique ou consensus : PCR méningocoque et/ou PCR pneumocoque ; en ce qui concerne le méningocoque, la recherche peut se faire par RT-PCR et temps réel avec des amorces permettant de définir le sérogroupe de la souche en cause.

L'antibiogramme doit être effectué directement à partir du LCR si l'examen direct de celui-ci est positif.