En cas de diarrhée d'étiologie bactérienne, il est inutile de réaliser une coproculture de contrôle, après disparition des symptômes, certains sujets pouvant rester porteurs de la bactérie impliquée, pendant plusieurs mois, en l'absence de toute symptomatologie.

La plupart des salmonelles agents de diarrhées produisent de l'hydrogène sulfuré (), par dégradation du thiosulfate de sodium, notamment. Sur les milieux habituellement utilisés lors de la coproculture, elles apparaissent ainsi sous forme de colonies à centre noir (cf. illustration Synthèse - Question 4), car ces milieux renferment du thiosulfate de sodium, ainsi que du citrate de fer ammoniacal, conduisant à la formation de sulfure de fer noir, par interaction entre l' produit par la bactérie et ce composé.

Les milieux sélectifs contiennent des substances destinées à inhiber la croissance des bactéries de la flore commensale (bile, colorants antiseptiques, antibiotiques...). De plus, ce sont des milieux lactosés, additionnés d'un indicateur coloré de pH. Cela permet de repérer les colonies lactose (-), qui peuvent correspondre aux bactéries impliquées comme agents de diarrhées, telles que Salmonella et Shigella. Des tests biochimiques complémentaires sont nécessaires pour différencier ces bactéries d'autres entérobactéries lactose (-) commensales de la flore intestinale (Proteus, Providencia, Morganella).

Le milieu de Skirrow est un milieu sélectif pour l'isolement des Campylobacter, contenant des antibiotiques inhibiteurs de la flore intestinale (vancomycine, polymyxine et triméthoprime).

Un moyen rapide de différencier les bactéries des genres Salmonella et Shigella est de réaliser un examen direct entre lame et lamelle : les salmonelles agents de diarrhées sont habituellement mobiles (ciliature péritriche), alors que les bactéries du genre Shigella sont toujours immobiles.

La détermination du sérovar des bactéries du genre Salmonella impliquées dans les toxi-infections alimentaires est basée sur la spécificité des antigènes de paroi (AgO lié au L.P.S. de la membrane externe) et des antigènes flagellaires de ces bactéries mobiles (AgH). On utilise une technique d'agglutination directe, où les bactéries sont mises en suspension dans un immunsérum, pour visualiser une éventuelle agglutination.

Pour les AgO comme pour les AgH, il existe des immunsérums polyvalents permettant une première orientation vers tel ou tel groupe antigénique, ainsi que des sérums monovalents pour un diagnostic précis. La recherche d'Ag capsulaire concerne essentiellement le typage de Salmonella enterica sérovar Typhi, dont la capsule est un facteur de virulence important (Ag Vi).