II-2. Caractérisation des souches (étude épidémiologique- analyse d'épidémie)

Les  sérovars : Au sein de l'espèce  Listeria monocytogenes, 12 antigènes somatiques (Ag O) et 4 antigènes flagellaires (Ag H) ont été identifiés. En caractérisant leurs antigènes somatiques et flagellaires, la formule antigénique obtenue permet d'aboutir à un sérovar. Le schéma de Seeliger et de Donker-Voet permet de distinguer au sein de l'espèce Listeria monocytogenes  13 sérovars ; trois d'entre eux (1/2a, 1/2b, et 4b) sont responsables de 95% des cas de listériose humaine. En 2002, 55% des souches d'origine humaine reçues au CNR Listeria étaient de sérovar 4b.

Les lysotypes sont identifiés au sein des souches par l'utilisation de phages.

Le typage par analyse du polymorphisme électrophorétique des enzymes (MLEE : MultiLocus Enzyme Electrophoresis) permet de différencier les isolats selon la mobilité électrophorétique d'un certain nombre d'enzymes.

Le typage génomique peut être effectué par l'analyse des profils de macrorestriction de l'ADN du nucléoïde total (par exemple après coupure de cet ADN par des enzymes de restriction à sites de coupure rares, puis électrophorèse en champ pulsé). C'est la plus discriminante des techniques de typage. Une autre méthode est le ribotypage , qui consiste à couper l'ADN total par des enzymes à points de coupure fréquents, puis à caractériser à l'aide de sondes spécifiques,  les séquences répétées codant pour les ARN ribosomaux, au sein des fragments générés. D'autres méthodes consistent à réaliser l'amplification de fragments génomiques répétés présents dans le génome. D'autres méthodes sont développées (séquençage, puces à ADN).