Chapitre 1 - Notions de base - 2009-2011
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Chapitre 1 - Notions de base - 2009-2011

Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd

Modélisation moléculaire - Notions de base

Notions de base

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Introduction
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Les ressources
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Calculateurs de laboratoire - Université de Limoges Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd

Notions de base - Représentation des molécules en 3 dimensions

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Les coordonnées normales ou cartésiennes
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Molécule de méthanol en 3D repérée dans le système de coordonnées cartésiennes xyz, prenant son origine sur l'atome d'oxygène Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Les coordonnées internes ou z-matrice
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Définition des Distances, Angles et Torsions Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
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Numérotation de la molécule de méthanol permettant de repérer les distances angles et angles de torsion définis dans le tableau précédent Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
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Les logiciels
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Représentation moléculaire en traits Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Représentation moléculaire en traits et boules Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Représentation moléculaire de type Spacefill Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd

Notions de base - Notions de conformation et de recherche conformationnelle

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Configuration
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Représentation de la molécule avec un groupement méthyle« au dessus du plan » Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Représentation de la molécule avec le groupement méthyle« en dessous du plan » Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Configuration R ou S
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Représentation de la molécule en configuration S Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Représentation de la molécule en configuration R Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Structure chimique de la Sarsapogenine Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Structure chimique de la Smilagenine Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd

Notions de base - Les courbes de potentiel

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Définition
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Les liaisons
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Angle de torsion Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Forme trans Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Forme cis Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Diagramme phi-psi montrant une surface de potentiel Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
La courbe de potentiel
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Conformation de la taxifoline. La courbe de potentiel du graphique 21 est obtenue en faisant varier l'angle de torsion entre l'hétérocycle central et le cycle aromatique B (à droite sur la figure) Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
Courbe de potentiel de la taxifoline en fonction de l'angle de torsion défini sur le graphique 20 Patrick Trouillas creativecommons : by-nc-nd
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